L'action se déroule en 2005, entre les événements de Resident Evil 4 et de Resident Evil 5. Elle se concentre sur Jill Valentine, membre du BSAA, et nous fait découvrir son nouveau partenaire, Parker Luciani. A bord d'un paquebot censé être abandonné sur la Méditerranée, Jill et Parker ont été envoyés à la recherche de Chris Redfield. Les dernières informations émises par son GPS indiquent, en effet, qu'il se trouverait sur le bateau. Ce dernier est bien loin d'être inoccupé : alors que Jill et Parker explorent l'intérieur exigu du navire, le danger menace dans chaque recoin, et ils doivent faire face à un nouvel ennemi qui surgit de l'ombre.
