U-NO débute alors que le jeune Takuya Arima reçoit un colis provenant de son père prétendument décédé. À l'intérieur, un appareil permettant de voyager à travers des mondes parallèles. Entouré de ses amis, professeurs et amants, Takuya va enquêter à la fois sur le mystère de cet héritage et sur la façon d'empêcher un malheur de s'abattre sur la réalité.
