Entre jeu d'action-aventure et roguelike moderne, le joueur suit le jeune Isaac lors de son périple à travers des donjons toujours plus sombres et plus sanglants afin d'atteindre son objectif : tuer sa génitrice.
Il trouvera d'étranges trésors qui changeront son apparence, lui donnant des capacités surhumaines et lui permettant ainsi de combattre des créatures mystérieuses, de découvrir des secrets et de se frayer un chemin en toute sécurité.
