La création au japon d'une force de Renseignements pour l'Auto-Défense a enfreint la loi internationale et sa propre constitution et a attisé la tension entre le Japon, la Chine et la Corée du Nord. Devant affronter des embargos chinois et nord coréens sur l'exportation, le Japon demande l'aide des États Unis selon l'accord américain reconnu selon L'article 9 de la Constitution japonnaise d'après-guerre. Une pléiade de renseignements réunis par la FRAD indique que la dévastation de l'économie japonaise survenue lors de l'infâme journée de l'or noir pourrait avoir été causé par un groupe terroriste. À mesure que la nation tout entière se mobilise et que les États-Unis réactivent et affecte le USS Clarence E Walsh, la première plateforme de guerre électronique et informatisée, le troisième Échelon a vent d'un incident mineur qui ne serait pas relié à l'affaire, mais qui pourrait avoir des conséquences d'ordre mondiale.
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The year is 2008. Citywide blackouts ... stock exchange sabotage … electronic hijacking of national defense systems ... this is information warfare. To prevent these attacks, operatives must infiltrate deep into hostile territory and aggressively collect critical intelligence, closer than ever to enemy soldiers. You are Sam Fisher, the NSA's most elite black-ops agent. To achieve your mission you will kill from close range, attack with your combat knife, shoot with the prototype Land Warrior rifle, and use radical suppression techniques such as the inverted neck break. Also take on cooperative multiplayer infiltration missions, where teamwork is the ultimate weapon. As the enemy evolves, so must you.